Цели, которые решают в ходе микробиологической экспертизы, делятся на три основные группы:
- идентификационные;
- диагностические;
- классификационные.
Также существует отдельный тип задач, связанный с определением наличия микробиологических объектов в определённой среде и последующим извлечением этих культур для дальнейшего анализа.
Установление наличия микробов на предполагаемом объекте-носителе относится к компетенции микробиологического эксперта. Для выявления этих объектов требуются специальные методы, которыми владеет квалифицированный специалист. Аналогично, для сбора культуры и её подготовки к дальнейшему исследованию также привлекается ученый-микробиолог.
Классификационные задачи сосредоточены на описании рода и группы исследуемых микроорганизмов.
Идентификационные задачи микробиологической экспертизы направлены на определение характеристик анализируемого объекта путём сопоставления с известными образцами. Идентификация осуществляется на основе тщательного анализа всей доступной информации о объекте. При этом учитываются как общие признаки, характерные для всех представителей данного вида или рода микроорганизмов, так и специфические особенности, вызванные воздействием окружающей среды и другими случайными факторами.
Диагностические задачи микробиологической экспертизы связаны с выявлением признаков исследуемых объектов, которые могут иметь значение для обстоятельств рассматриваемого дела.