Y-хромосома содержит повторяющиеся нуклеотиды, известные как короткие тандемные повторы (STR - short tandem repeats). Эти повторы состоят из последовательностей из двух или более пар нуклеотидов, которые идут друг за другом в генетической цепи. Количество таких повторов индивидуально для каждого человека. STR-маркеры на Y-хромосоме обозначаются номерами DYS (DNA Y-chromosome Segment number). Например, если у аллеля DYS393 число повторов составляет 12, это означает, что в его последовательности имеется 12 повторов (AGAT)12. Обычно в рамках экспертизы Y-хромосомы анализируется от 10 до 67 STR-маркеров. STR-тест позволяет определить индивидуальный гаплотип, который представляет собой комбинацию аллелей одной хромосомы.
Для идентификации аллелей Y-хромосомы применяются наборы реактивов известных зарубежных компаний, таких как:
- Applied Biosystems (AmpFlSTR Yfiler: DYS456, DYS389I, DYS390, DYS389II, DYS458, DYS19 и др.).
- Promega Corporation (PowerPlex Y: DYS391, DYS389I, DYS439 и др.).
- QIAGEN (Investigator Argus Y-12 QS Kit: DYS393, DYS438 и др.).
- Biotype (Mentype® Argus Y-MHQS: DYS19, DYS385 a/b и др.).
Кроме того, Y-хромосома содержит однонуклеотидные полиморфизмы (SNP - single-nucleotide polymorphism). Эти полиморфизмы представляют собой изменения в последовательностях ДНК всего лишь в одном нуклеотиде (A, T, C или G). Они характеризуются крайне медленной мутацией, что делает их важными для изучения генетического происхождения человека. SNP-тест позволяет определить гаплогруппу — группу схожих гаплотипов, имеющих общего предка с одной и той же мутацией.
Рассмотрим распространенные случаи анализа полиморфных локусов на Y-хромосоме.